Jean-Aimé Mougenot è entrato in SNCF nel 1980 come macchinista nella regione Midi-Pyrénées, dove ha maturato una solida esperienza nel settore ferroviario e una profonda conoscenza del territorio.
Direttore degli stabilimenti di SNCF Traction dell'Oise e di Paris Nord dal 1994 al 2002, è stato poi nominato responsabile dell'organizzazione del lavoro dei macchinisti, prima di diventare direttore delle risorse umane dell'attività di guida di SNCF nel 2004.
Ha proseguito la sua carriera in TER, dove, dal 2011 al 2013, è stato Direttore regionale SNCF TER Picardie. Dal 2014 al 2016 è stato vicedirettore di TER France.
Nel 2016 è diventato Direttore della regione TER Sud-Provence-Alpes-Côte d'Azur per SNCF Voyageurs. In questo ruolo, ha assicurato la firma di una nuova convenzione operativa nel gennaio 2019 e ha preparato la risposta ai primi bandi di gara lanciati dalla Regione Sud per mettere a gara la gestione della rete regionale. Nel 2017 ha inoltre avviato un piano di trasformazione che ha prodotto risultati visibili in termini di qualità del servizio.
Dal 2021 è vice direttore TER di SNCF Voyageurs. In particolare, sta guidando il rinnovo delle convenzioni di esercizio con le 11 Autorità Organizzatrici prima della scadenza di fine 2023 fissata dalla legge, nonché la costituzione delle prime società dedicate alla gestione dei lotti vinti da SNCF Voyageurs nelle gare d'appalto indette dalle Regioni.
